Il Pulo di Molfetta si trova a circa due chilometri dal centro abitato. Come per altre formazioni geologiche simili in Puglia – Pulicchio di Gravina in Puglia e Pulo di Altamura – si tratta di una dolina di crollo di origine carsica, ovvero di un’ampia depressione del terreno. Profonda 30 metri e con un diametro di circa 170 metri, la dolina si è formata grazie all’azione erosiva delle acque che, permeando nel sottosuolo composto da rocce calcaree, ha scavato falde e cunicoli, diventati nel tempo ambienti sempre più ampi. Con il passare del tempo, i crolli e i successivi ampliamenti delle grotte nel sottosuolo, si è ridotto sempre di più lo spessore della "volta" delle grotte sotterranee fino a crollare creando la depressione nel terreno che vediamo oggi. Sulle pareti verticali del Pulo sono ancora ben visibili numerose grotte. Le varietà microclimatiche qui presenti hanno reso il sito l’habitat ideale per diverse specie vegetali. Sono attestate qui ben 210 specie di flora vascolare che rappresentano circa un decimo delle specie presenti in tutta la Puglia, fra le quali un buon numero di specie rare o rarissime in Italia. L’area ha inoltre un importante interesse storico e archeologico. Sono emersi abbondanti reperti del Neolitico come la ceramica impressa, classificata come "civiltà di Molfetta". Sono emersi anche diversi materiali preistorici litici e ceramici. Nel Settecento l’abate Giovene, illustre studioso e collezionista di Molfetta, curò la raccolta dei reperti che ha costituito il primo nucleo del museo del Seminario Vescovile di Molfetta. Nella prima metà del XVI secolo, sul versante occidentale della dolina, venne costruito un monastero da una comunità di monaci Cappuccini. Nella seconda metà del XVIII secolo il sito suscitò l’interesse del regno di Napoli e dei Borbone in quanto le grotte del Pulo sono ricche di nitrati, componente naturale delle polvere da sparo, per questo motivo qui venne costruita una nitriera che però declinò rapidamente già alla fine del Settecento. Nei primi anni del XX secolo, importanti archeologi come M. Mayer e A. Mosso condussero sistematiche campagne di scavi nell’area circostante la dolina. Furono così portate alla luce importanti ritrovamenti, tra cui i resti di una necropoli e di un villaggio capannicolo neolitico.