La chiesa, stupendo esempio di romanico-pugliese, si trova a pochi passi dalla Basilica di San Nicola. Le indagini archeologiche attestano la fondazione della chiesa al X secolo, durante il dominio bizantino. L'esistenza di un edificio di culto con questo titolo si evince in un documento del 1187, durante l'arcivescovado di Rainaldo, periodo in cui un certo Maione era abate di San Marco. Oggi la gestione è affidata all'Arciconfraternita di Sant'Antonio. Al piccolo edificio si può accedere da due ingressi: quello originario ad ovest e quello secondario, successivo alla fase medievale, dietro l'altare. La facciata in stile romanico-pugliese è definita da un semplice prospetto a "capanna". In origine l'impianto si articolava in tre navate, poi ridotte a due con l’apertura della strada adiacente. Sulla facciata si apre il bel portale contornato da una successione di sfere, un motivo a grani di rosario. Degno di nota l’elegante rosone a ventiquattro raggi che nascono da un tondo centrale dove trova collocazione il leone di San Marco. La scultura duecentesca è attribuita al maestro barese Pietro Facitolo. L'ingresso secondario, dietro l'altare, è sormontato dall'edicola votiva della Madonna del Pozzo. L'interno si articola in due navate voltate a botte.