La cisterna fu commissionata da Bona Sforza, regina di Polonia e duchessa di Bari, per dissetare i cittadini, specie durante la siccità estiva. Il tessuto urbano di Bari vecchia era un tempo costellato di numerose cisterne, oggi non più esistenti o inglobate in edifici successivi. Tra queste si ricordano quelle di San Domenico, ubicata nei pressi del convento domenicano, oggi Palazzo della Prefettura, quella di San Nicola nei pressi della basilica, quella di San Gregorio, da individuare sotto le absidi della chiesa omonima, quella di Santa Maria del Buonconsiglio e quella della Cattedrale nei pressi della Trulla, dal Seicento adibita come sacrestia. L’iscrizione incisa sul lato del pozzo che si affaccia sulla Cattedrale sottolinea il fine benefico della duchessa: Poveri che avete sete, venite con letizia e senza denaro: bevete le acque che Bona, regina di Polonia, mise a disposizione.