Il complesso, databile tra XVIII e XIX secolo, è costituito da due ambienti distinti. Gli spazi del piano terra, con molta probabilità impostati sul finire del Settecento, furono utilizzati inizialmente come deposito per gli attrezzi agricoli e come frantoio; quelli superiori, a seguito di un cambio di destinazione d’uso, furono trasformati in residenza padronale. L’originaria funzione agricola di Villa Carbone è suggerita dalla configurazione architettonica dell’immobile, ancora oggi circondato da ulivi e mandorli. Nel 1977, il consiglio comunale di Bari deliberò l'uso della villa come chiesa parrocchiale dedicata a San Marco per dare al quartiere un luogo di culto appropriato. Attualmente l'aula liturgica è allestita al piano terra; gli ambienti superiori sono utilizzati come uffici parrocchiali e sale didattiche. La chiesa è definita da un unico ambiente voltato a botte, costruito con blocchi in tufo. Villa Carbone è annoverata come "costruzione di particolare interesse storico", pertanto è sottoposta alla tutela della Soprintendenza per i beni storico artistici ed etnoantropologici della Puglia.