Si tratta di una delle chiese rupestri più antiche della città di Monopoli, già frequentata come luogo di culto dai monaci basiliani. Secondo la tradizione, nell’XI secolo, un gruppo di marinai si fermò qui a pregare la Madonna affinchè li salvasse dal pericolo. Scampati dal naufragio, vollero dedicare alla Vergine questa cripta su cui fu edificata la chiesa di Santa Maria degli Amalfitani. Completamente scavata nella roccia, la cripta è a navata unica con doppia abside e un deambulatorio. Qui sono state rinvenute delle tombe ad arcosolio, ovvero racchiuse in una nicchia, altre sepolture sono emerse nello spazio antistante l’accesso alla cripta. Degli affreschi, che probabilmente occupavano tutte le pareti della cripta, ci restano oggi solo alcuni frammenti in cui si riconosce San Nicola ed alcuni episodi della vita del santo. Sono inoltre presenti altri affreschi riferibili al Seicento e al Settecento, tra questi è da sottolineare la tempera presente nel soffitto, di fine Seicento, che di certo ha sostituito una più antica decorazione, raffigurante una Madonna con Bambino circondata da Angeli.