Alcuni documenti d'archivio del XII secolo ci dicono che in origine la grotta – provvista di pozzi – era dedicata al culto micaelico delle acque. All'interno della stessa si trovava inoltre "l'Ecclesia Sante Marie de Cripta Maiore". Agli inizi del XII secolo la chiesa ospitò San Corrado, che rimase qui fino alla sua morte. La venerazione per il Santo in questo sito è poi proseguita anche a seguito della "traslatio" dei suoi resti da Modugno a Molfetta (dove San Corrado diviene patrono della città) avvenuta proprio tra il XII e il XIII secolo. La chiesa è dotata di un pavimento a lastrine e tasselli in pietra databili al XII secolo. A maestranze angioine che evocano influenze balcaniche si devono gli affreschi che ricoprono la chiesa, tra i quali il 'Compianto sul Cristo morto' e la 'Imago pietatis' – databili al XIV secolo – che mostrano quanto l'abbazia abbia continuato a conservare una sua storia e la grotta una funzione funeraria. Oggi il santuario, custodito dai Rogazionisti, rappresenta sempre una importante meta di pellegrinaggio e un fondamentale luogo di preghiera e di raccoglimento.