Nel 1827 il vescovo di Ruvo-Bitonto, monsignore Giovanni Maria Manieri, fece richiesta all'Intendente della Provincia di Bari di costruire una parrocchia nel borgo marinaro di Santo Spirito. In tal modo avrebbe assicurato l'assistenza pastorale ai residenti, sempre più numerosi con l'incremento demografico registratosi all'inizio del XIX secolo. Nel 1843, durante l'episcopato del vescovo Nicola Marone, fu posata la prima pietra. Abbandonati i progetti architettonici iniziali, i lavori furono affidati definitivamente a Luigi Castellucci e si protrassero dal 1846 al 1856, anno in cui la chiesa fu consacrata. La facciata in stile neoclassico è delineata da un sobrio prospetto a tempio, definito da un corpo aggettante in corrispondenza della navata centrale. I campanili gemelli che si impostano nelle navate minori sono stati aggiunti nel Novecento. L'interno è definito da una pianta a croce greca inscritta in un quadrato. All'incrocio dei bracci, voltati a botte, si imposta la cupola realizzata in "camorcanna": una sorta di falsa volta realizzata con canne e intonaco, agganciati a strutture in legno, in modo tale da non appesantire le strutture portanti.