Il percorso espositivo parte da una sezione medievale che conserva opere scultoree ed icone pugliesi che vanno dall’XI al XV secolo. Si passa poi alle sale che espongono i dipinti di artisti quali Vivarini, Veronese e Tintoretto, provenienti per lo più da istituzioni ecclesiastiche regionali, di altri artisti napoletani o di scuola napoletana dei secoli XVI-XVIII, tra cui spiccano le opere di Paolo Finoglio, Luca Giordano e Andrea Vaccaro. Meraviglioso è inoltre il San Pietro Martire di Giovanni Bellini, una tempera su tavola, alta poco meno di due metri e larga poco più di 80 cm, della seconda metà del XV secolo, cui la Pinacoteca ha dedicato una speciale sala. La Pinacoteca offre inoltre un ampio spazio espositivo anche ad esponenti della pittura ottocentesca, quali ad esempio Giuseppe De Nittis e Francesco Netti. Vasto è anche il nucleo di ceramiche, di produzione per lo più pugliese, del periodo compreso tra il XVII e il XVIII secolo. Oltre alle collezioni permanenti, gli spazi della Pinacoteca ospitano spesso esposizioni temporanee e attività culturali di rilievo.