L’area archeologica ha messo in luce una parte della città romana Gnathia, nota in antichità per la sua privilegiata posizione geografica, scalo commerciale strategico di raccordo tra Oriente e Occidente. La prima fase insediativa è attestata al XVI secolo a.C. Alla fine del VI secolo a.C. Egnazia divenne un insediamento messapico, di questa fase ci restano le mura e la necropoli con tombe a fossa, a semicamera e tombe più monumentali a camera. A partire dal III secolo a.C. la città subì una certa trasformazione a seguito dell’influenza della presenza dei romani sul territorio. Diventò Municipio nel I secolo a.C. e la presenza del porto e la via Traiana che attraversava la città, resero Egnazia di grande importanza per l’Impero. Della fase romana sono invece molto interessanti i resti della via Traiana, della basilica civile con l'aula delle Tre Grazie, del sacello delle divinità orientali, dell'anfiteatro e della piazza porticata. Degno di nota l’impianto termale, quest’ultimo riportato in luce più di recente. Nel V secolo d.C. diventò sede vescovile ma, a partire dal VI secolo d.C., come accadde per altre città romane, anche Egnazia subì un lento degrado e la popolazione si concentrò nell’area dell’acropoli almeno fino al XIII secolo, all’interno di un’area fortificata. Sull’area della città messapica è stato costruito il Museo archeologico, al di sotto del quale è ancora presente una tomba messapica, la cosiddetta “tomba del melograno”. Il museo, con un ricco ed interessante allestimento, espone importanti reperti, emersi ad Egnazia e in zone limitrofe, con l’obiettivo di aiutare il visitatore a tornare indietro nel tempo per rivivere i trenta secoli di storia della città prima messapica, poi romana, infine sede vescovile.