Il Museo deve il suo nome a Giacomo Pezzola, medico personale dei conti Acquaviva d’Aragona, vissuto durante la seconda metà del Settecento. La sede del museo è un complesso, unico nel suo genere, composto da 15 trulli comunicanti e rappresenta un mirabile esempio di una cultura architettonica in evoluzione. Sono, infatti, presenti in un'unica struttura più tipologie edilizie: una, più antica, è fatta da organismi semplici, di piccole dimensioni, monocellulari, l’altra, più recente è a due piani, con faccia alta e stretta e timpano triangolare. Gli interni sono divisi in diverse sezioni dedicate alle origini delle tradizioni cittadine, vi sono sezioni dedicate alla raccolta del grano, alla produzione del vino e all’arredo della tavola contadina. Altre sezioni ospitano foto artistiche del centro storico di Alberobello e della città di Shirakawa-go, gemellata con Alberobello, anch’essa patrimonio UNESCO. Nel circuito del Museo del Territorio “Casa Pezzolla” è compreso anche il Museo dell’Olio, posto all’interno di un trullo nel Rione Aia Piccola. Qui sono esposti attrezzi di fine Ottocento destinati alla molitura e, attraverso dei pannelli e dei video didattici, viene illustrato l’intero processo produttivo dell’olio d’oliva, dalla raccolta alla produzione.