Dai documenti si apprende che nella corte erano ubicati diversi palazzi di rappresentanza a servizio del governo bizantino: la dimora del catapano (l'alto ufficiale bizantino), alcuni uffici, un alloggiamento militare presumibilmente per la guarnigione della città, una prigione e le cappelle di San Basilio, Santa Sofia, Sant’Eustrazio e San Demetrio, santi tipicamente bizantini. Dopo la conquista di Bari per mano di Roberto il Guiscardo, l'area, simbolo del potere bizantino ormai sconfitto, fu rasa al suolo, eccezion fatta per la chiesa di san Gregorio. Nel Museo Nicolaiano si conservano due epigrafi scritte in greco che documentano l'operato di un funzionario del governo bizantino di nome Leone Patrizio, attivo nel X secolo, e la dedicazione dei lavori di restauro dell'area palatina in onore di Basilio Mesardonites, in carica dal 1010 al 1017.