Secondo la leggenda, la chiesa extraurbana sorge su una grotta carsica dove, nel XV secolo, fu miracolosamente rinvenuta un'icona raffigurante la Madonna. La parte più datata dell’edificio è costituita dall'attuale sacrestia e da alcuni piccoli ambienti ad essa connessi, costruiti tra XIII e XIV secolo. La chiesa attuale, ampliata e dotata di un convento più grande, fu innalzata nel 1462 su committenza del conte Giulio Antonio Acquaviva d'Aragona. Dalla documentazione disponibile sappiamo che nel 1463 il convento venne affidato ai Minori Osservanti. L'ordine francescano aggiunse all’originario impianto il coro e la cappella voltata a crociera in controfacciata. All'interno si conservano diverse opere d'arte realizzate dell'artista galatinese Nuzzo Barba. Nel 1523, il conte Andrea Matteo III Acquaviva d'Aragona commissionò al valente scultore salentino il sepolcro di suo padre, Giulio Antonio Acquaviva, caduto in battaglia durante il combattimento contro i Turchi ad Otranto, nel 1480. Altre opere autografe del maestro di Galatina sono l'edicola della Madonna dell'Isola, scolpita e dipinta nel 1478, e il Pulpito con lo stemma degli Acquaviva d'Aragona. Nella chiesa si venera l'immagine del Cristo Nero, statua in legno che viene portata in processione il venerdì santo di ogni anno.