L’area in cui è stata eretta la basilica presenta antiche e complesse stratificazioni che ci portano indietro nel tempo fino a circa 5000 anni fa. Dello strato archeologico più antico, dell’Età del Bronzo, ci restano i fori di palificazione, ovvero le buche dei pali utilizzati per le strutture di antiche abitazioni a capanna. Al di sopra di questo strato sono state trovate tracce del periodo messapico, ellenistico ed altomedievale. Di particolare interesse sono i resti di un tempio pagano dedicato a Maia e Mercurio, due antiche divinità mediterranee, al di sopra del quale fu eretto a sua volta nel III secolo d.C. un edificio di culto di età paleocristiana, dedicato a San Mercurio. Sulle rovine di quest’ultimo fu eretta la prima cattedrale romanica della città, costruita a partire dal XII secolo. I lavori furono però interrotti per mancanza dei fondi necessari per il completamento del tetto. La tradizione vuole che, nella notte del 16 dicembre del 1117, approdò nel porto cittadino una zattera che trasportava l’icona di una Madonna Odegitria, detta poi della Madia in quanto, grazie alle 31 travi della sua zattera, fu ultimata la chiesa. Oggi la Madonna della Madia è la patrona della città. La chiesa, a pianta basilicale a tre navate con abside e transetto, fu consacrata nel XV secolo. Nel corso del Cinquecento e del Seicento la cattedrale venne ampliata con l’aggiunta di cappelle laterali, un’ampia cappella dietro l’altare e un nuovo campanile barocco che andò a sostituire il precedente campanile romanico, crollato a seguito di un fulmine. Nel Settecento l’intero edificio, tranne il campanile, fu demolito per costruire la nuova cattedrale in stile barocco, l’opera fu completata nel 1772. L’attuale pavimento in marmo delle navate risale agli inizi del Novecento, così come il soffitto della navata centrale e della cupola.