Il santuario fu vissuto in un primo tempo dai monaci basiliani nel IX secolo. A questi subentrarono nell’XI secolo i monaci benedettini che fondarono qui la loro abbazia e vi rimasero fino alla fine del XIII secolo. Oltre ad essere un luogo di culto, fu anche un sicuro rifugio per i crociati che, di ritorno dalla Terra Santa, qui trovarono ristoro. Della prima metà del XII secolo è la testimonianza di un eremitaggio di un monaco cistercense che, in pellegrinaggio verso la Terra Santa, qui si fermò con la sua piccola comunità benedettina. Si tratta di Corrado Bavaro, dichiarato ufficialmente santo nel 1832, la cui tomba è stata qui conservata per 170 anni nel pavimento musivo, realizzato con bellissime tessere di mosaico, fino a quando i molfettesi lo prelevarono nel 1303 per proclamarlo loro santo patrono e traferire le sue reliquie in città. Oggi il santuario, custodito dai Rogazionisti, resta sempre una importante meta di pellegrinaggio e rappresenta un fondamentale luogo di preghiera e di raccoglimento.