Dedicata a San Pietro, la chiesa matrice si trova nel cuore della città vecchia di Putignano. La tradizione vuole sia stata fondata già al passaggio di San Pietro in città ovvero nel 45 d.C. Le fonti ci parlano di una fondazione piuttosto certa entro il V secolo, alcuni elementi decorativi della facciata ci riconducono però allo stile romanico del XII-XIII secolo. Sicuramente fu completamente riedificata nel 1474 dal Balì Giovanni Battista Carafa. Il Balì era il più alto funzionario dell’Ordine dei Cavalieri di Malta. La gradinata di accesso presente in facciata è stata costruita nel 1676. Al centro, il portale principale è fiancheggiato da due porte di ingresso e sovrastato da un rosone. In alto la facciata termina con due finestre poste in  simmetria con le porte di ingresso laterali. Sul portale in legno vi è lo stemma pontificio, a memoria dei 700 anni in cui la città è stata ecclesia nullius, ovvero soggetta solo all'Autorità Pontificia. Sul fianco della facciata il campanile, realizzato nel corso del XVII secolo, fa da raccordo tra la chiesa e l’adiacente palazzo del Balì. L’interno, ad aula unica, è arricchito da statue e affreschi. Tra questi, sono degni di nota il Presepe in pietra policroma e il Cristo deposto in stucco policromo. Sull’altare della cappella di San Biagio vi è la statua di San Sebastiano, probabilmente la prima opera di Stefano da Putignano. La navata unica termina con due altari sovrapposti, raccordati da due scalinate ai lati, dove trovano posto sculture di scuola napoletana della seconda metà del XVIII secolo. Nell’altare superiore è collocato il Crocifisso, di produzione spagnola.